Jan Pieterszoon Coen meninggal di Batavia. Terdapat dua versi yang berbeda mengenai penyebab kematian Coen. Menurut versi Belanda, Coen meninggal karena kolera yang kini lebih dikenal dengan muntah darah, sedangkan versi lainnya meyakini bahwa kematian Coen akibat serangan bala tentara Sultan Agung dari Mataram.