KH Masjkur lahir di Singosari, Malang, dari pasangan Maksum dan Maemunah. Ia mengenyam pendidikan di tujuh pesantren berbeda di berbagai daerah. Dari Pesantren Bungkuk Singosari di kampung halamannya hingga Pesantren Tebuireng, Jombang, pimpinan KH Hasyim Asyari. Ia juga pernah menjadi murid KH Kholil Bangkalan di Madura dan terakhir belajar di Pesantren Jamsaren, Solo.