Iswahyudi lahir di Surabaya. Setelah menamatkan pendidikan AMS di Malang, Iswahyudi melanjutkan sekolah dokter di Nederlandsche Indische Artsen School (NIAS) di Surabaya. Namun, Iswahyudi lebih tertarik dengan dunia penerbangan sehingga tidak menamatkan pendidikan dokternya.