Secara mendadak pemerintah menangkap beberapa anggota PNI Baru, yaitu Hatta, Sjahrir, Maskun, Burhanuddin, Marwoto dan Bondan. Sambil menungu keputusan dari pemerintah, Hatta ditawan di penjara Glodok, sedangkan Sjahrir dan lima orang lainnya di rumah tahanan Cipinang.