Yon Koeswoyo lahir dengan nama Koesjono di Tuban, Jawa Timur, dari pasangan Koeswojo dan Atmini. Koeswojo seorang priyayi; terakhir bekerja sebagai pegawai Departemen Dalam Negeri. Atmini ibu rumah tangga. Yon anak keenam dari sembilan bersaudara.