Di tengah prahara, sepucuk surat dari Sri Sultan Hamengkubuwono IX datang ke tangan Presiden Sukarno. Sultan menyampaikan Yogyakarta siap menjadi ibu kota sementara, menggantikan Jakarta yang tak aman lagi karena aksi tentara NICA. Sukarno-Hatta, menyambut baik tawaran itu. Dalam rapat kabinet 3 Januari 1946 para pemimpin republik memutuskan untuk memindahkan ibukota ke Yogyakarta.