Sepekan menjelang penyatuan Timor Leste menjadi Bagian dari Indonesia, kaum militan pro-Indonesia mengibarkan bendera Merah Putih dan menguasai eksklave ini. Seperti saat dikuasai Portugal, Oe-Cusse Ambeno ditetapkan sebagai bagian dari provinsi Timor Timur pada tahun 1970-an. Oecussi-Ambeno kemudian menjadi bagian dari negara Timor Leste pada 20 Mei 2002.