Pada 4 Januari 1946, ibu kota Republik Indonesia resmi berpindah dari Jakarta ke Yogyakarta. Presiden dan wakil presiden, beserta jajaran menteri, membawa serta keluarga mereka ke sana. Pemerintahan Indonesia pun seluruhnya dijalankan di kediaman Sri Sultan Hamengkubuwono tersebut.

Turut hadir di Yogyakarta, meski sudah tidak menjabat menteri, Ahmad Subardjo. Mantan Menteri Luar Negeri pertama RI itu datang terpisah dari rombongan presiden. Dia tinggal bersama istri dan keempat anaknya di dalam benteng keraton, di tempat kerabatnya. Subardjo ketika itu menjabat penasihat Sutan Sjahrir di departemen luar negeri. Namanya pun ada dalam daftar hitam pemerintah Belanda.

Suatu waktu di tahun 1949, Rohman, putra Subardjo menderita sakit pencernaan. Subardjo pun segera membawanya ke dokter Sim Ki Ay, kawannya ketika menjadi mahasiswa di Belanda. Oleh sang dokter Subardjo disarankan merujuk putranya ke rumah sakit di Jalan Gondokusuman. Putranya itu harus segera menjalankan operasi pengangkatan usus buntu.

Dia pun segera membawa putranya ke sana. Namun berhubung jarak dari rumah ke Gondokusuman jauh, juga karena namanya masuk dalam daftar polisi Belanda, Subardjo memutuskan membawa semua keluarganya tinggal di rumah sakit. Itu dilakukan agar dia dan keluarganya tidak mondar-mandir di jalanan yang dijaga ketat polisi Belanda.

“Berkat rahmat Tuhan Yang Maha Esa, Rohman berhasil dioperasi perutnya dengan selamat. Di rumah sakit itu banyak ruangan yang kosong, tempo-tempo mendengar suara senapan dan mitraliur karena ada pertempuran di Jalan Gondokusuma itu,” tulis Subardjo dalam otobiografinya Kesadaran Nasional: Sebuah Otobiografi.

Pada satu hari, saat sedang menunggu putranya, Subardjo izin mencari udara segar kepada istrinya. Dia pun memilih pergi ke perpustakaan dekat rumah sakit. Belum sempat menyelesaikan satu judul buku di tangannya, seorang polisi Belanda berpakaian sipil masuk ke ruangan tempat Subardjo duduk. Dia pun dengan sopan mendekat.

“Apakah anda saudara Subardjo?” tanya dia dalam bahasa Belanda.

“Betul saya adalah Subardjo,” jawab Subardjo yang sudah menduga pria di depannya seorang polisi.

Rupanya informasi tentang keberadaan Subardjo di perpustakaan itu terendus oleh badan intelijen Belanda. Polisi pun segera bergerak untuk menangkapnya. Subardjo kemudian dipersilahkan naik mobil. Dia dibawa ke kantor polisi militer Belanda. Si polisi juga mengatakan kalau Subardjo akan ditahan sampai waktu yang tidak ditentukan.

“Kalau begitu bawalah saya ke tempat kediaman keluarga saya dulu,” kata Subardjo.

Permintaan itu dikabulkan. Subardjo dibawa ke rumah sakit, tempat keluarganya berada. Dia lalu menceritakan tentang penangkapan itu kepada istrinya. Istrinya berusaha tegar dan membantu mempersiapkan segala kebutuhan suaminya. Sambil menenangkan anak-anaknya yang menangis mengetahu ayahnya dibawa pihak Belanda, Subardjo meminta keluarganya tetap berada di tempat aman dan tenang dalam menunggu kepulangannya.

Di kantor polisi militer, Subardjo dimasukkan ke sebuah kamar. Di sana rupanya sudah cukup banyak orang Indonesia ditahan, salah satunya kenalan Subardjo, Pangeran Prodjokusumo. Sekira sepuluh hari berada di kantor polisi militer, Subardjo dan tahanan lain dibawa ke Ambarawa. Mereka dimasukkan ke sebuah benteng. Di sana ada lebih banyak lagi orang Indonesia yang ditahan, antara lain Adam Malik.

Setelah hampir enam bulan ditahan di Amabarawa, Subardjo mendapat kabar bahwa para tahanan akan dibebaskan. Berdasar resolusi PBB, semua tahanan politik akan dikembalikan ke rumah masing-masing. Subardjo bersama beberapa kawan dinaikkan ke sebuah truk menuju Yogyakarta. Setiba di depan Hotel Merdeka, mereka disambut oleh Sri Sultan Hamengkubuwono IX.

“Saudara-saudara! Sekarang pertikaian dengan Belanda telah berakhir dan saya menyampaikan selamat atas kebeabasan saudara-saudara,” ucap Sri Sultan.