JEAN BAPTISTE DE GUILHEN, Pilavoine, dan Calmel lalu mendapat tugas mengurus loji Prancis di Banten yang baru didirikan. Sultan Banten Ageng Tirtayasa memberi izin pendirian loji Prancis sebagai balasan atas niat baik Prancis yang berjanji membantu Banten dalam usahanya mengalahkan Palembang. Sultan juga berjanji akan memberikan konsesi di Bangka Belitung, yang meminta perlindungan Banten, kepada Prancis kelak ketika kepulauan itu sudah lepas dari Palembang.

Tugas pertama, mencari muatan untuk kapal Saint Francois, berhasil diselesaikan Guilhen dengan baik. Dia mendapatkan 2500 bahar lada hitam, di antaranya didapatkan langsung dari Syahbandar Kaytsu.

Perniagaan kompeni Prancis di Banten kian lancar berkat tangan dingin Guilhen, meski tak selalu semulus seperti diperkirakan sebelumnya. Guilhen, misalnya, dengan mudah mendapatkan pinjaman 20 ribu real dari sultan saat sebuah kapal Prancis tiba dengan muatan terlalu sedikit, pada 28 Mei 1680. Pinjaman dari sultan itu dipergunakan Guilhen untuk menambah muatan kapal yang akan berlayar ke Tonkin (Vietnam). Banten sendiri makin kuat secara ekonomi dengan berdirinya loji Prancis –dan loji-loji negara lain. Posisi tawarnya terhadap VOC (Kongsi Dagang Hindia Timur), pesaingnya yang berada di Batavia, menjadi lebih tinggi.

Keberhasilan itu merupakan buah dari hubungan baik Guilhen dengan sultan dan perwakilan negeri-negeri Eropa di Banten. Hal itu terus terjaga hingga ketika Guilhen akhirnya menjadi ketua loji. Sultan, yang sangat percaya Guilhen, memintanya menjadi perwakilan orang Eropa yang menghadap kepadanya sewaktu kesultanan mengadakan Hari Keputraan Sultan (perayaan ulangtahun sultan). Guilhen pula perwakilan Prancis yang mendapatkan izin sultan untuk membangun rumah ibadah dan menempatkan seorang pastor di loji.

Sifat filantropis Guilhen tetap terjaga selama di Banten. Dia tanpa segan langsung mendermakan uangnya kepada orang miskin atau orang yang sedang dalam kesulitan, namun dia sama sekali tak tergerak untuk memberi derma kepada pengemis; baginya sangat memalukan agama.

“Ia sering berderma dan kadang-kadang di luar kemampuannya…sehingga ia menjual sehelai kain sulam yang berharga hanya untuk mengeluarkan seseorang yang berhutang dari penjara,” tulis Claude Guillot dalam Banten: Sejarah dan Peradaban Abad X-XVII.

Ketika seorang pegawai Kongsi Dagang Inggris (EIC), Constance Phaulkon, difitnah atasannya dan meminta perlindungan loji Prancis, Guilhen menerimanya dengan ramah. Dia berusaha memediasi Constance dengan Arnold White, ketua loji Inggris di Banten. Namun Arnold White menolak. Guilhen kemudian menolong Constance dengan memberi pinjaman untuk modal niaga.

Namun, perang Belanda-Prancis di India merembet hingga Nusantara. Keberadaan Prancis di Banten ikut memanaskan Belanda di Batavia yang hubungannya dengan Banten tegang. Belanda sendiri memanfaatkan perpecahan di Banten dengan mendukung Sultan Haji, anak Sultan Ageng Tirtayasa, yang berambisi berkuasa.

Loji Prancis beraliansi dengan loji Inggris dalam menghadapi Belanda. Akibat ketegangan itu, kapal-kapal perang Belanda melakukan blokade yang mengakibatkan beberapa kapal Prancis jadi korban penangkapan kapal-kapal Belanda. Di Batavia, banyak orang Prancis ditahan. “Pihak Belanda yang takut bahwa terbentuknya aliansi antara Prancis dan sultan ditujukan pada Batavia,” tulis Bernard Dorleans dalam Orang Indonesia dan Orang Prancis: Dari Abad XVI sampai dengan Abad XX.

Upaya Guilhen berdiplomasi dengan Batavia tak berhasil. Perseteruan Prancis-Belanda itu akhirnya selesai setelah Perjanjian Nijmegen ditandatangani kedua belah pihak pada 17 September 1678.

Perniagaan Prancis di Banten, yang sempat surut, kembali berjalan tapi tak bertahan lama. Setelah Sultan Haji berkuasa atas dukungan VOC, perwakilan-perwakilan asing diusir. Loji Prancis bubar, Guilhen melarikan diri ke Batavia pada 27 Mei 1682. “Berakhirlah masa tinggalnya selama sepuluh tahun lebih di Banten,” tulis Guillot.

Dari Batavia, Guilhen menumpang kapal Inggris dan mencapai Surat pada awal Januari 1683. Keinginannya membantu misi seminari di Siam kandas lantaran hepatitis menyerangnya. Dia akhirnya kembali ke Prancis. Di Paris, dia berjuang keras di meja hijau selama dua tahun untuk mendapatkan uangnya yang dipinjam kompeni. Meski harus merogoh kocek 18 ribu franc, dia akhirnya menang di pengadilan dan mendapatkan uangnya lebih dari 50 ribu livres.

Guilhen akhirnya mendapatkan impiannya: mengabdi di Missions Etrangeres de Paris (MEP). Di sana dia menjalani hari-hari laiknya biarawan, dan aktif memberi bantuan kepada siapapun. Dia aktif menengahi konflik antara MEP dan Jesuit, sampai ikut mengawal perwakilan keduanya ke Vatikan. Namun, dia pulang lebih awal karena kesehatannya memburuk. Pada awal 1709, beberapa penyakit menyerangnya serentak. Setelah enam pekan berjuang melawan berbagai penyakit, pukul enam petang Guilhen berpulang.