Penguasa VOC (Kongsi Dagang Hindia Timur) di Batavia mengelompokkan pemukim pribumi berdasarkan suku. Kampung-kampung dibangun di luar Kastil dan tembok kota. Sisa-sisa permukiman mereka dapat dikenali melalui nama-nama kampung tua, seperti Kampung Bali (Jakarta Pusat), Kampung Melayu (Jakarta Timur), dan Kampung Jawa (Jakarta Barat).

Menurut sumber Belanda, orang Jawa mencakup orang dari Banten, Jawa Tengah, Jawa Timur, bahkan Kampung Jawa di Palembang. Mereka dicurigai karena Kompeni bermusuhan dengan Kerajaan Mataram dan Kesultanan Banten.

Sejarawan dan arsiparis Mona Lohanda dalam Sejarah Para Pembesar Mengatur Batavia, menyebut bahwa VOC tidak bisa membedakan apakah orang yang datang ke kota Batavia itu orang Banten, orang Mataram, atau orang Jawa dari kawasan lain. “Di mata penguasa VOC itu, semuanya adalah orang Jawa yang mereka sebut Javanen,” tulis Mona.

Ensikopedi Jakarta mendata Kampung Jawa terletak di kawasan Mangga Dua, Jakarta Barat. Dalam peta tahun 1682 buatan penjelajah Belanda Johan Nieuhof, lokasi Kampung Jawa tergambar di seberang daerah Jl. Kaum (sekarang Jl. Jatinegara Kaum), yakni satu jalan menuju ke makam Pangeran Jayakarta di Jakarta Timur.

Memang, pada masa VOC, Kampung Jawa terletak di dua tempat. Kampung Jawa di sebelah barat kota (wester-Javanen) dan Kampung Jawa di sebelah timur kota (ooster-Javanen).

Hendrik E. Niemeijer dalam Batavia: Masyarakat Kolonial Abad XVII, menyebut Kampung Jawa di sebelah barat kota didirikan pada 1643 dengan membuka lahan berukuran 917 x 30 roeden (1 roede kurang lebih 3,75 meter) dan direncanakan untuk menjadi sebuah Kampung Jawa yang cukup besar. Lahan besar itu ditumbuhi pepohonan kelapa dan dimaksudkan untuk menampung para penebang pohon Jawa yang selama itu berdagang kayu di sebelah selatan Parit Harimau bahkan juga di sepanjang tembok kota.

Kampung Jawa di sebelah barat kota dipimpin oleh seorang Nasrani asal Ternate, Jan Pekel atau Jan Cleyn.

Menurut Mona, kepala kampung memiliki wewenang mengatur berbagai hal, seperti administrasi, ekonomi, dan keamanan. Kepala permukiman ini oleh penguasa VOC diberi pangkat kapiten atau letnan. Jabatan mereka disebut inlandsche commandant atau komandan pribumi. Gelar dan jabatan itu diberikan atas dasar bahwa para pemukim itu pada awalnya adalah serdadu yang ikut serta dalam pasukan VOC. Di waktu damai, atau saat VOC tidak melakukan peperangan atau ekspedisi militer, mereka mengelola daerahnya untuk pertanian.

Oleh karena itu, Jan Cleyn pernah memimpin warganya dalam ekspedisi militer VOC. Hendrik mencatat, Jan Cleyn dan warganya dikenal setia. Dia bersama 20 orang Jawa turut berperang bersama serdadu VOC di Sailan (Srilanka). Dia juga membantu dalam pengepungan Kota Malaka tahun 1641. Namun, tiga tahu kemudian VOC mendakwanya telah menjalin hubungan rahasia dengan Banten dan Mataram. Dia ditengarai bekerja sama dengan Kiai Mas Goula, tokoh Moor (dari Bahasa Portugis: mouro artinya orang muslim) di Batavia. Dakwaan itu membuat penduduk semakin takut terhadap orang Jawa yang mereka anggap tidak dapat dipercaya, cepat mengamuk, dan keras kepala.

Mas Goula mengaku sebagai keturunan termuda dari sebuah keluarga Arab dari Surat, India, yaitu keluarga para ulama yang merupakan nenek moyang para pangeran Jayakarta. Dia memutuskan kembali ke Batavia karena Sultan Mataram memerintahkannya untuk memasok serdadu. Karena itu, dia kesulitan mendapatkan izin dari pemerintahan VOC kendati dia bersumpah selama hidupnya tidak akan memusuhi Batavia dan orang Belanda.

Akhirnya, pada Januari 1644, dengan bantuan Jan Cleyn, Mas Goula mendapat izin untuk bermukim di kawasan ommelanden (luar tembok kota) bersama keluarga dan budaknya. Syaratnya dia harus lapor ke kastil setiap bulan.

Pada Agustus 1644, Jan Cleyn dan Mas Goula didakwa melakukan makar. Menurut dakwaan, Jan Cleyn menanggalkan agama Nasrani yang dipeluknya sejak kecil di Batavia. Karena dia bersedia disunat, maka orang hilang kepercayaan terhadapnya.

Menurut Hendrik, dalam dakwaan disebut Jan Cleyn dengan 500 orang Banten dan 1.000 orang Cirebon bersenjata akan menyerang Gubernur Jenderal dan penduduk Batavia. Rencananya mereka akan membunuh Gubernur Jenderal Antonio van Diemen saat bertamu dengan dalih hendak memberikan hadiah. Lalu pasukan Banten akan memanjat tembok kota kemudian menyerbu serta merebut kota dan kastil.

Dakwaan itu mengingatkan kembali masyarakat pada serangan Mataram (1628-1629) sehingga Jan Cleyn dijatuhi hukuman berat dan mengerikan. “Tubuhnya dicincang, kepalanya dipenggal, dan bagian-bagian tubuhnya dipotong empat dan dipertontonkan di empat penjuru angin untuk membuat orang lain jera,” tulis Hendrik.

Mas Goula mengalami nasib yang sama kendati kapiten orang Melayu, Encik Amath, sudah memohon agar dipancung saja lalu dikebumikan dengan terhormat mengingat latar belakang keluarganya. Sejumlah orang lain yang ditengarai terlibat dalam komplotan juga digantung.