Karena menolak bertanggungjawab Residen Yogyakarta Smissaert memerintahkan pasukannya menyerang dan membakar markas Diponegoro di Tegalrejo. Tiga minggu kemudian, Diponegoro membalas dan menyerang Yogyakarta. Perang Jawa pun pecah.
Belanda tiba2 menyerang wilayah Republik Indonesia dan berhasil merebut sebagaian Jawa Barat, Jawa Tengah, dan Jawa Timur. Tindakan ini dikenal dengan nama Agresi Militer Belanda I.
Dalam suatu sidang PKII di Serui, disepakati untuk mengirim Silas Papare ke Pulau Jawa untuk memperkuat usaha Pemerintah RI memasukkan Irian sebagai bagian dari wilayah kedaulatannya.
