Setelah dipilih menjadi orang nomor satu di TNI AD, Letjen TNI Ahmad Yani dipanggil Presiden Sukarno. Pembicaraan seputar siapa saja perwira yang akan membantu Yani sebagai asisten. Yani menyodorkan satu nama sebagai Asisten I bidang intelijen: Donald Isaac Pandjaitan.

Pandjaitan lahir di Balige, Sumatera Utara, 9 Juni 1925. Karier militernya dimulai pada masa pendudukan Jepang ketika menjabat Shodanco (setara mayor) Peta (Pembela Tanah Air) di Pekanbaru, Riau. Dibesarkan dalam pendidikan misi Zending dari Jerman, Rheinische Mission Geselchaft (RMG), Pandjaitan terampil berbahasa Jerman. Dia menjadi atase militer RI di Bonn, Jerman Barat antara 1956-1962.

“Apakah Pandjaitan ini yang pernah menjadi atase militer di Jerman?” tanya Sukarno.

“Benar,” jawab Yani.

“Sesuai laporan dari Chaerul Saleh dan Iwa Kusumasumatri, orang ini tidak baik,” ujar Sukarno.

“Kolonel Pandjaitan ini baik. Sebenarnya dia lebih cocok jadi pendeta. Selama bertugas di Jerman dia sering berkhotbah di gereja dalam bahasa Jerman,” kata Yani.

“Kamu saja yang mengatakan begitu,” balas Sukarno tak percaya.

“Kalau Bapak tidak percaya, panggilah langsung yang bersangkutan. Nanti dia saya hadapkan,” Yani mengusulkan.

Yani lantas menelepon Pandjaitan, menginstruksikannya agar menghadap Sukarno.

“Semalaman suami saya gelisah sehingga sulit tidur memikirkan masalah yang hendak dibicarakan di Istana esok pagi,” kenang istri Pandjaitan, Marieke Pandjaitan br Tambunan dalam D.I. Pandjaitan: Gugur dalam Seragam Kebesaran. Pukul 7 pagi, Sukarno menerima Pandjaitan.

“Saya mendapat laporan, bahwa jij ada berhubungan dengan tokoh-tokoh PRRI?” Sukarno membuka percakapan.

Kepada Sukarno, Pandjaitan tidak menampik dirinya dekat dengan tokoh PRRI. Tatkala di Bonn, Alex Kawilarang, atase militer RI di Washington pernah menghubungi Pandjaitan lewat saluran telepon. Kawilarang memberi tahu akan meninggalkan posnya dan bergabung dengan Permesta di Sulawesi Utara. Menurut Marieke, Pandjaitan menasihati Kawilarang agar tetap bertugas di Washington. Begitu pula ketika Pandjaitan menerima Achmad Sukendro di kediamannya di Bonn. Hal ini diketahui oleh menteri loyalis Sukarno, Iwa Kusumasumatri. Kolonel Sukendro adalah perwira TNI yang dikenal antikomunis –kelak menjadi salah satu jenderal yang masuk daftar target operasi G30S.

“Saya mendapat laporan dari Chaerul Saleh tentang hal itu, dan juga katanya jij tidak loyal kepada saya sebagai Presiden/Panglima Tertinggi,” lanjut Sukarno.

“Saya sudah disumpah sebagai perwira, Pak, bahwa saya tetap setia kepada Pancasila, Presiden, Panglima Tertinggi, dan Pemerintah. Sekian,” pungkas Pandjaitan.

“Kalau demikian,” kata Sukarno, “kembalilah dan melapor pada Yani.” Seraya menghormat, Pandjaitan melapor kemudian minta diri.

Yani kemudian dilantik menjadi Menteri Panglima Angkatan Darat pada 21 Juli 1962. Beberapa hari sesudah pelantikan, Pandjaitan ditetapkan sebagai Asisten IV yang membidangi logisitik, bukan Asisten I sebagaimana rencana semula. Pangkatnya dinaikkan menjadi brigadir jenderal.

Pandjaitan menjadi pembantu Yani yang berperan dalam menghalau pengaruh komunis. Pada pertengahan 1965, Pandjaitan membongkar aksi penyelundupan dari kapal berbendara Republik Rakyat Tiongkok di pelabuhan Tanjung Priok. Kapal-kapal itu diduga mengangkut senjata yang digunakan dalam G30S bersama dengan peralatan untuk Conefo (Conference of New Emerging Forces).

Menurut Horst Henry Geerken, orang Jerman yang pernah mengenal Pandjaitan di Bonn, Pandjaitan bukanlah seorang antikomunis yang fanatik. “Dia mencoba untuk melakukan upaya apapun supaya Soekarno tidak bergerak lebih lanjut ke kiri,” tutur ekspatriat asal Jerman yang pernah tinggal di Indonesia selama 18 tahun dalam A Magic Gecko: CIA’s Role Behind the Fall of Soekarno.

Pada saat terakhir hidupnya, Pandjaitan mencurahkan perhatiannya pada buku-buku keagaamaan. Dari dua belas jilid seri buku Church Dogmatics karya teolog Karl Barth, enam jilid telah rampung dibacanya.

“Hasratnya untuk memahami dogma-dogma tersebut bukan karena dia seorang yang taat beragama, tetapi juga karena keinginannya untuk membantu para pendeta memberi khotbah-khotbah di daerah gerilya selama masa perang kemerdekaan,” tulis Mardanas Safwan dalam Mayor Jenderal Anumerta DI Panjaitan.

Pada dini hari 1 Oktober 1965, Pandjaitan menjadi salah satu dari enam jenderal yang gugur dalam G30S. Di depan rumahnya, dia mendapat berondongan tembakan sepasukan Tjakrabirawa setelah menghaturkan doa.