Pesantren merupakan lembaga pendidikan Islam tertua di Indonesia. Di Jawa, tradisinya kemungkinan besar dimulai sejak era Maulana Malik Ibrahim. Berikut tempat-tempat yang menandai perkembangan pesantren awal di Jawa. 

Insiden berdarah Peristiwa Tanjung Priok meninggalkan kesumat di kalangan umat Islam, khususnya kepada tentara. Jenderal Benny Moerdani turun tangan demi memulihkan citra TNI sekaligus menangkal kesan anti-Islam pada dirinya.

Tradisi pesantren, kitab kuning, dan metode pengajaran Islam dari kiai langsung ke murid telah dilakukan sejak awal penyiaran Islam di Jawa.