Setelah purnatugas sebagai menteri, Mar'ie Muhammad aktif di sejumlah lembaga independen yang mengusung misi reformasi dan kemanusiaan. Dia juga sempat menjadi mentor Sri Mulyani, yang kemudian menjadi menteri keuangan di tiga era kepresidenan.

Menjelang kejatuhannya, Presiden Soeharto mulai mengambil sendiri kemudi kebijakan ekonomi. Termasuk bersimpang jalan dengan menteri keuangannya.

Sebagai menteri keuangan, dia bertugas mengurusi bertriliun-triliun rupiah anggaran negara. Tapi, siapa sangka, Mar'ie Muhammad tak pernah bawa uang kemana-mana dan kerap kali berutang.